Im Februar 1944 wurde die Kirche durch die Bombenangriffe fast völlig zerstört. Allein der Ostchor mit seinem Gewölbe blieb inmitten der Trümmer stehen. Dieser ehemalige Mönchschor wurde nach dem Krieg als Restkirche erhalten. Die nackten Ziegelwände tragen die Narben der Zerstörung - sie wurden nicht wieder verputzt, sondern wie in den ersten franziskanischen Kirchen nur geschlämmt.