Die neuen Lehren der reformatorischen Bewegung wurden in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts bald im Kloster aufgenommen: Hier wurde die erste evangelische Predigt Augsburgs gehalten und die ersten Geistlichen heirateten. Der Konvent löste sich auf, die Barfüßerkirche wurde die erste evangelische Pfarrkirche Augsburgs.
Genauer:
"Augsburg zerfällt in sechs Richtungen", schreibt Martin Luther in einem Brief vom 11.03.1527: „Augsburg in sex divisa est sectas“. Ähnlich äußert sich der Augsburger Bürger Joachim Helm 07.03.1528 in einem Brief an seinen Schwager in Zwickau: „Es steht übel bei uns, denn große Ketzerei ist bei uns, fünferlei Sekten […] und ist ein solcher Jammer, dass die ganze Stadt Augsburg betrübt ist“.
Die sechs Richtungen waren: 1. Anhänger der alten Kirche, 2. Zwinglianer, die der Züricher Linie folgten, 3. Oberdeutsche, die der Straßburger Linie folgten, 4. Lutherische / Sächsische, 5. Täufer und 6. „Spiritualisten“, die die Amtskirche ganz ablehnen und informelle Gemeinschaften vorziehen.
In der Barfüßerkirche wirkten die Zwinglianer.
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Rolf Kießling, Thomas Max Safley, Lee Palmer Wandel (Hrsg.): Im Ringen um die Reformation. Kirchen und Prädikanten, Rat und Gemeinden in Augsburg, Epfendorf/Neckar 2011.